Der gebürtige Hamburger, der in München aufwuchs, studierte Literatur-Wissenschaft und Kunstgeschichte in Göttingen, Berlin (West), Basel und Hamburg, ehe er 1965 mit einer Arbeit über die deutschsprachige Exil-Literatur promovierte. Nach einer Tätigkeit im Verlag seines Vaters (Christian Wegner Verlag) ging er 1969 als verlegerischer GF zu den Rowohlt Buchverlagen nach Reinbek (heute Hamburg). Von 1985 bis 1990 war er Programm-GF des Bertelsmann Buchclubs (Hamburg + Gütersloh).

Ab 1990 arbeitete Dr. Matthias Wegner als freier Publizist unter anderem für die Neue Zürcher Zeitung und die Frankfurter Allgemeine Zeitung. Darüber hinaus war er auch für die Programmarbeit beim St. Pauli Theater in Hamburg sowie die Hamburger Kammerspiele aktiv. Seit 2004 betreute Dr. Wegner die Veranstaltungsreihe "Theater! Theater!" im Ernst Deutsch Theater in Hamburg.